يقوم على أنقاض معبد وثنيّ . وفيما يذكر تاريخ الرهبانيّة أنّه في 1752 تسلّمت الرهبانيّة المارونيّة هذا الدير في عهد رئاسة الأب جرجس قشّوع الغوسطاوي العامّة ، وفي عهد ولاية الأمير مراد أبي اللمع ، وبأمر ورضى مطران الأبرشيّة ، وكان يقطنه قبلا عدد قليل من الرهبان والراهبات العباد ، وله بعض أملاك ، وأمّا أكثر أملاكه فقد اشترتها الرهبانيّة من أبناء الطائفة الموحّدة الدرزيّة ، بعناية الأب العام أغناطيوس بليبل . يذكر بليبل في تاريخ بكفيّا أنّه يبدو من وثائق آل بليبل في ساقية المسك أنّ بليبل بليبل قد وقف للرهبانيّة اللبنانيّة دير مار يوسف الحبشي كما يتّضح من الأوراق الباقية للآن مصادقا عليها من البطريرك طوبيّا الخازن ، وقد أشار إليها يوسف خطّار غانم في برنامج أخويّة مار مارون . وفي 1780 وقف عبد الأحد بليبل كرما لهذا الدير ؛ على أي حال ، ففي القسمة التي حصلت 1768 بين الرهبانيّتين المارونيّتين : اللبنانيّة والحلبيّة ( المريميّة في ما بعد ) ، أصبح دير مار موسى الحبشي من نصيب الرهبانيّة اللبنانيّة . وفي عهد الأباتي اغناطيوس داغر الرئيس العام للرهبانيّة اللبنانيّة 1913 - 1929 تمّ إجراء توسيع وإصلاحات وترميم على الدير . وعلى عهد الرئاسة العامّة للأبّاتي بطرس قزّي 1968 - 1974 تمّ تجديد داخليّة الكنيسة 1971 . وقد جعل هذا الدير ، لبضع سنين ، أحيانا ديرا للابتداء ، وأحيانا مدرسة ابتداء لتلامذة الرهبانيّة اللبنانيّة . المؤسّسات الإداريّة مجلس اختياريّ ، وبنتيجة انتخابات 1998 جاء سليمان صقر مختارا بالتزكية . مجلس بلديّ ، وبنتيجة انتخابات 1998 جاء مجلس قوامه : المحامي حبيب شيبان رئيسا ، فايز كركي نائبا للرئيس ، مروان شيبان ، جورج كركي ، جوزيف كركي ، أنطوان صقر ، ريكاردوس عيد ، بديع صقر ، ونسيب صقر .